В 1834 году все члены кружка Герцена и он сам были арестованы. Герцен был сослан в Пермь, а оттуда в Вятку, где и определен на службу в канцелярию губернатора. За устройство выставки местных произведений и объяснения, данные при ее осмотре Наследнику Цесаревичу, Герцен, по ходатайству Жуковского, был переведен на службу советником правления во Владимир, где женился, увезши тайно из Москвы свою невесту, и где провел самые счастливые и светлые дни своей жизни.

В 1840 году Герцену было разрешено возвратиться в Москву. Здесь ему пришлось столкнуться с знаменитым кружком гегельянцев Станкевича и Белинского, защищавших тезис полной разумности всякой действительности. Увлечение гегельянством доходило до последних пределов, понимание философии Гегеля было односторонне; с чисто-русской прямолинейностью спорящие стороны не останавливались ни перед каким крайним выводом ("Бородинская годовщина" Белинского). Герцен тоже принялся за Гегеля, но из основательного изучения его вынес результаты совершенно обратные тем, какие делали сторонники идеи о разумной действительности.

Между тем, в русском обществе сильно распространились, одновременно с идеями немецкой философии, социалистические идеи Прудона, Кабе, Фурье, Луи Блана; они имели влияние на группировку литературных кружков того времени. Большая часть приятелей Станкевича сблизилась с Герценым и Огаревым, образуя лагерь западников; другие примкнули к лагерю славянофилов, с Хомяковым и Киреевским во главе (1844). Несмотря на взаимное ожесточение и споры, обе стороны в своих взглядах имели много общего и, прежде всего, по признанию самого Герцена, общим было "чувство безграничной обхватывающей все существование любви к русск. народу, к русскому складу ума". Противники, "как двуликий Янус, смотрели в разные стороны, в то время как сердце билось одно". "Со слезами на глазах", обнимаясь друг с другом, разошлись недавние друзья, а теперь принципиальные противники, в разные стороны.

В 1842 году, Герцен, отслужив год в Новгороде, куда он попал не по своей воле, получает отставку, переезжает на жительство в Москву, а затем, вскоре после смерти своего отца, уезжает навсегда за границу (1847). В 1848 году Герцен принимал участие, впрочем, исключительно теоретическое, в парижском перевороте; сблизился с Прудоном и другими выдающимися деятелями революции и европейского радикализма. Впоследствии он был дружен с Гарибальди и вместе с Прудоном издавал одно время газету "Ami du peuple".

Вынужденный, по требованию полиции, оставить Францию, Герцен переехал в Швейцарию, где и натурализовался; затем он жил некоторое время в Ницце и около 10 лет в Лондоне, где основал русскую типографию для печатания запрещенных изданий. С 1857 года издавал еженедельную газету "Колокол". В 1864-67 годах Герцен издавал в Женеве последние листки "Колокола". 9 (21) января 1870 года он скончался от воспаления легких в Париже, куда незадолго перед тем прибыл по своим семейным делам.

Влияние Герцена в свое время было громадно. Значение деятельности философа в крестьянском вопросе вполне выяснено и установлено. Гибельным для популярности Герцена было его увлечение польским восстанием. Он не без колебания стал на сторону поляков, довольно долго относясь к их делегатам несколько подозрительно; окончательно он уступил, только благодаря настойчивому давлению со стороны Бакунина. В результате - "Колокол" потерял своих подписчиков (вместо 3000 их осталось не более 500).