Увлечение учением Гегеля сказалось даже в его магистерской диссертации о Ломоносове, появившейся в 1846 году. После смерти Станкевича и до отъезда Белинского в Петербург Аксаков сблизился с Хомяковым, Киреевскими, Самариным. С Белинским же, изменившим правому гегельянству и начавшим проповедовать противоположные воззрения, он обменялся несколькими письмами и они навеки прекратили отношения (письма Белинского к Аксакову напечатаны в "Руси" 1881 года).

Вообще жизнь Аксакова не богата внешними событиями, и после разрыва с Белинским проходит довольно однообразно до самой смерти главы славянофильства. Поэтому дальнейшая биография, а, пожалуй, и вся биография его, есть, главным образом, история хода его литературного развития, история его ученых и литературных работ.

Поселившись в Москве, Аксаков только в 1838 году ездил за границу, откуда вернулся через пять месяцев. Литературную деятельность свою, как выше замечено, он начал стихами. Первым печатным произведением были стихи, читанные на торжественном университетском акте в 1835 году только что окончившим курс 18-летним кандидатом. Вслед за тем он принимал довольно деятельное участие (иногда под псевдонимом К. Эврипидина) в тех журналах, с которыми сотрудничал Белинский - "Телескопе", "Молве" и "Московском Наблюдателе". Аксаков помещал здесь небольшие рецензии, а также стихи, по преимуществу из Шиллера и Гете. Позднее, не оставляя стихотворства, он стал помещать стихи в "Московском Сборнике", "Русской Беседе" и "Молве".

После смерти его много стихотворений напечатано в "Дне", "Руси" и "Русском Архиве". В начале тридцатых годов Аксаков написал драматическую шутку в стихах, в 3-х действиях, с эпилогом: "Олег под Константинополем!" (напечатана она была в 1858 году). Эта шутка явилась пародией на так называемое скептическое направление в русской историографии, представителем которого был профессор Каченовский.

В 1842 году Аксаков выступил на критическое поприще статьей, напечатанной отдельной брошюрой: "Несколько слов о поэме Гоголя: Похождения Чичикова, или Мертвые души" и в "Москвитянине" того же года ответил на разбор этой брошюры, сделанный Белинским. Затем три критические статьи Аксакова по литературе, с подписью Имрек, появились в "Московском Сборнике" 1846 года (о сборнике  Соллогуба "Вчера и сегодня", о книге Никитенко "Опыт истории русской литературы", о "Петербургском сборнике" Некрасова).

В "Русской Беседе", начавшей выходить с 1856 года, Аксаков был одним из наиболее деятельных сотрудников, а в 1857 году редактировал еженедельную газету "Молва", где поместил много мелких статей. В 1847 году он защитил диссертацию под заглавием: "Ломоносов в истории русской литературы и русского языка", представленную для получения степени магистра русской словесности. К пятидесятым годам относятся наиболее важные и существенные работы Аксакова, исторические и филологические, в которых его взгляды достигли своего полного развития.

Эти работы вошли в состав неоконченного полного собрания его сочинений. Первый том появился в 1861 году, второй — в 1875  и, наконец, третий в 1880. Первый том состоит из 27-ми статей по русской истории, из которых большинство при жизни автора не были напечатаны. В числе исторических статей особенно выдаются рецензии на І, VI, VII и VIII тома "Истории России" Соловьева, "О древнем быте славян вообще и русских в частности", "Краткий исторический очерк земских соборов", "О состоянии крестьян в древней России", "По поводу Белевской Вивлиофики, изданной Н. А. Елагиным". В этих статьях Аксаков развивал свои оригинальные воззрения, что склад первоначальной русской жизни не родовой, а общинно-вечевой, что русское государство образовалось не завоеванием, как на Западе, а добровольным призванием власти, и что русский народ резко отделял понятие земли от понятия о государстве, прибегая к последнему только для сохранения первой. Русский народ, по мнению Аксакова, шел путем внутренней правды и поэтому древнерусская жизнь, в нравственном смысле, достигала высокого совершенства. Аксаков умер от чахотки на острове Занте (Греция), куда приехал в сопровождении брата, Ивана Сергеевича, в декабре 1860 года.