Сообразно с таким взглядом на литературу, и критика Чернышевского все более и более проникается элементами публицистическими. Разбор литературного произведения есть для критики повод к рассуждениям об общественных вопросах, и критик заявляет, что литературная сторона дела его мало занимает. Он говорит: «Бог с ними, с эротическими вопросами, - не до них читателю нашего времени, занятому вопросами об административных и судебных улучшениях, о финансовых преобразованиях, об освобождении крестьян». Вполне естественно, что при таком взгляде на критику Чернышевский при первой же возможности от нее отказывается и целиком отдается публицистике. В 1858 году он поручает критический отдел «Современника» Добролюбову, а сам с этого времени исключительно пишет по вопросам экономическим и политическим. На первом плане должен, конечно, стоять крестьянский вопрос, который в то время был выдвинут правительством и занимал внимание всего общества.

В ряде статей Чернышевский настаивает на увеличении надела, крайнем уменьшении выкупа, стоит за сохранение сельской общины, которая представляется ему одной из форм будущего общественного устройства на началах социалистических. Защищая общинное владение землей против нападок авторитетного в то время «Экономического Указателя», Чернышевский весьма оригинально пользуется диалектическим гегелианским методом доказательства. «Общий ход планетарного развития, — говорит он, — прогрессивная лестница классов животного царства вообще, высшие классы животных в особенности, физическая жизнь человека, его язык, обращение с другими людьми, его одежда, манера держать себя, все его общественные учреждения — администрация, войско и война, судопроизводство, заграничная торговля, торговое движение вообще, понятие о справедливости, — каждый из этих фактов подлежит следующей норме: повсюду высшая ступень развития представляется по форме возвращением к первобытной форме, которая заменилась противоположной на средней ступени развития; повсюду очень сильное развитие содержания ведет к восстановлению той формы, которая была отвергаема развитием содержания не очень сильным». Признавая этот абсолютный закон развития, Чернышевский в том факте, что общинное владение есть первобытный институт, видит прочное основание для защиты его жизненности: от поземельной частной собственности, которая представляется, по отношению к общинному владению, вторым моментом развития, противоположным первому, от этого второго момента логически неизбежен переход к третьему моменту, то есть возврат к общинному владению измененному.

Защищая общину против экономистов, Чернышевский снова сближается со славянофилами, которые так хорошо поняли значение этого учреждения, так хорошо сохранившегося в русском народном быту. «Важность, — говорит Чернышевский, — распространения здравых понятий о вопросе, касательно необходимости для национального благосостояния сохранить господствующее у нас пользование землею, чрезвычайно велика. Но пример западного населения, бедствующего от утраты этого принципа, не имеет над большинством наших экономистов такой силы, как лишенные всяких дельных оснований изречения тех политико-экономических авторитетов, которых они привыкли держаться. Славянофилы в этом случае не таковы. Они знают смысл урока, представляемого нам участью английских и французских земледельцев, и хотят, чтобы мы воспользовались этим уроком. Они считают общинное пользование землями, существующее ныне, важнейшим залогом, необходимейшим условием благоденствия земледельческого класса. В этом случае они высоко стоят над многими из так называемых западников, которые почерпают свои убеждения в устарелых системах, принадлежащих по духу своему минувшему периоду одностороннего увлечения частными правами отдельной личности, и которые необдуманно готовы восставать против нашего драгоценного обычая, как несовместного с требованиями этих систем, несостоятельность которых уже обнаружена наукой и опытом западноевропейских народов».

Арестован был Чернышевский 7 июля 1862 года по обвинению в государственном преступлении, в участии в противоправительственной пропаганде, в составлении возмутительных воззваний к народу. По приговору Правительствующего Сената 13-го июня 1864 года Чернышевский был сослан в Нерчинские заводы на 7 лет каторжной работы. В 1871 году, по отбытии срока каторги, он был поселен в Вилюйске. В 1875 году была попытка освободить Чернышевского из ссылки: 12-го июля явился к вилюйскому исправнику некто Ипполит Мышкин, в мундире жандармского офицера, назвавшийся Мещериновым, с подложным предписанием сдать ему Чернышевского для перевода в Благовещенск; однако обман был обнаружен. Ссылка в Сибирь окончилась для Чернышевского в 1883 году, когда ему разрешено поселиться в Астрахани. За время ссылки, конечно, литературная деятельность Чернышевского должна была прекратиться, но от одного из товарищей Чернышевского по каторге имеются сведения о его беллетристических опытах за это время.

Вообще беллетристика для Чернышевского была лишь средством проведения известных идей. Таким образом, он пользовался беллетристической формой и до ссылки, когда написан был роман «Что делать?», а также и в ссылке. Роман «Что делать?» является популяризацией утилитарной нравственности, так как его герои постоянно говорят, что их действиями руководит эгоизм, а кроме того, в этом романе развивается теория свободной любви и эмансипации женщины, а в «снах» Веры Павловны рисуется то счастье, которое предстоит человечеству при осуществлении социалистических идеалов. Провести же эти идеалы в жизнь возможно только таким сильным практическим деятелям, как Рахметов, однако люди, подобные Рахметову, настоящему герою, явятся не сразу, они представляют собой, так сказать, идеал революционных деятелей, а подготовкой к этому идеалу служат «новые люди», каковыми надо считать Лопухова, Кирсанова.

На каторге в 1865 году в Кадае начата Чернышевским трилогия романов, в которых он изображал общественное движение, сопутствовавшее крестьянской реформе. В 1868 году эти романы («Пролог к прологу», «Дневник Левицкого» и «Пролог») были окончены. В этих романах Чернышевский выводить самого себя, свою жену и Добролюбова, а также многих деятелей редакционных комиссий. Предполагал Чернышевский дать продолжение этих романов, изобразить события 1862 - 63 годах, но план не был осуществлен: были лишь написаны отдельные эпизоды («Рассказы из Белого зала»), в которых действие переносилось за границу. По тем же сведениям известно о некоторых комедиях («Другим нельзя») и рассказах Чернышевского, сочиненных также на каторге. Во время ссылки Чернышевского в цюрихском журнале «Вперед» в 1874 году были напечатаны «Письма без адреса», написанные Чернышевским еще в 1862 году, но по цензурным условиям не могущие появиться в России. В этих «Письмах» Чернышевский резко критикует крестьянскую реформу, доказывая, что она повела к несправедливому обременению крестьян платежами в пользу помещиков, что недостатки реформы произошли от бюрократических приемов ее подготовки.

По возвращении из ссылки Чернышевский получает снова возможность заняться литературным трудом. Живя сначала в Астрахани, а в 1889 году в Саратове, он принимается за огромный труд перевода «Всеобщей истории» Георга Вебера. Он успел перевести 11 томов и значительную часть двенадцатого. К некоторым из переведенных им томов Чернышевский прилагал статьи философско-исторического характера. И перевод, и приложения являлись в свет с псевдонимом Андреев. С этим же псевдонимом Чернышевский напечатал в «Русских Ведомостях» статью «Характер человеческого знания», а в «Русской Мысли» - стихотворение «Гимн деве неба». В том же журнале, с подписью Старый трансформист была напечатана статья «Происхождение теории благотворности борьбы за жизнь». Перед смертью Чернышевский начал издание «материалов для биографии Н. А. Добролюбова». Умер Чернышевский 17-го октября 1889 года в Саратове, где и похоронен на Воскресенском кладбище.