В этом грандиозном архитектурном комплексе Андрей Боголюбский вместе со своей семьей  провел все годы своего правления. Примерно семнадцать лет Великий князь Владимирский управлял Владимиро-Суздальскими землями. Летом 1174 года Андрей Юрьевич скончался в собственной резиденции, в лестничной башне. Ночью (с 28 на 29 июня) завистники князя бояре Кучковичи прокрались в Боголюбский дворец и убили Андрея Юрьевича.  

После гибели Андрея Боголюбского, все обитатели крепости покинули ее. Долгое время замок оставался совершенно пустым. В конце семидесятых годов двенадцатого века рязанский князь Глеб со своим войском прошелся по территории крепости и забрал все ценности, какие мог унести с собой. Немного позже с той же целью в Боголюбово пожаловали монголо-татары, но, не найдя ничего стоящего, только разгромили небольшие постройки и удалились.

В самом конце двенадцатого века, старую и обветшалую крепость заселили монахи мужского монастыря. Несмотря на то, что монахи пытались реставрировать собор и княжеский дворец, древние строения постепенно разрушались. Многочисленные перестройки не приносили никакой пользы, в результате, в 1722 году собор Рождества Богородицы окончательно разрушился. Через тридцать лет на месте бывшего собора решено было возвести новый храм. В 1683 году была построена Благовещенская церковь, но и она не сохранилась надолго. В 1804 году пришлось ее перестраивать, в результате чего внешний вид храма значительно изменился. К счастью, Благовещенская церковь сохранилась до наших дней.

Монахи достроили лестничную башню, добавив верхним ярусом шатровую колокольню. В настоящее время в Боголюбово сохранились некоторые строения времен правления Андрея Юрьевича. Это башня-колокольня, где был убит Великий Владимирский князь,  большая часть княжеского дворца, огромный собор с пятью куполами (построенный монахами в восемнадцатом веке), успенская церковь с колокольней. Вокруг древней крепости еще можно различить защитные валы, насыпанные еще в двенадцатом веке.     

Свято-Боголюбский женский монастырь. Трапезная церковь Благовещения

Множество тайн, легенд и загадок до сих пор хранит Боголюбово. Самой главной тайной до сих пор остается смерть великого князя, основателя Боголюбского монастыря. Согласно одной из легенд (большинство историков склоняются именно к ней) князь был убит по приказу собственной супруги. Братья жены Андрея Юрьевича, бояре Кучковичи, долгое время пытались захватить власть в свои руки. Вступив в заговор с боярами, жена Андрея помогла им проникнуть в покои князя. Поздней ночью заговорщики (их было около двадцати человек) прошли сквозь заграждения крепости и убили охрану дворца. Затем они тихо прокрались к спальне князя и ворвались в комнату с оружием.

Князь Андрей всегда держал меч при себе, даже ночью он висел над кроватью князя. Но в эту ночь меча на месте не оказалось: подкупленный ключник украл его, пока князь спал. Убийцы окружили постель Боголюбского, но случайно один заговорщик поразил другого мечом. Это дало возможность князю отбежать на несколько шагов. Тем не менее, один из заговорщиков успел ударить копьем князя в голову, но, не нанеся ему смертельной раны, так как оружие не пронзило черепа. Раненный Андрей не смог убежать и убийцы нанесли несколько ударов ему в спину.

Заговорщики быстро покинули палаты, оставив истекающего кровью князя. Андрей пришел в чувства и попытался выйти на улицу, чтобы позвать на помощь. Убийцы услышали его крик и вернулись, чтобы закончить начатое злодеяние. Великий князь смог добраться до лестничной башни и укрыться там. Бояре пришли в спальню князя, увидели капли крови на полу и пошли по следу. Нашли они Андрея под лестницей башни, где князь, стоя на коленях, молился Господу о пощаде. Но не помогли молитвы, заговорщики осмелились лишить жизни своего правителя.  

В 1999 году в Боголюбском монастыре случилось настоящее чудо. Икона с изображением святого мученика Андрея Боголюбского начала источать миро. Сначала выступали крупные капли, затем количество благовонного мира стало уменьшаться, но не исчезло оно и до сих пор.