Польско-литовское правительство тоже подчиняло казаков ведению старост украинных замков. Это правительство пыталось создать из возникшего казачества пограничную милицию. Но такие городовые казаки не были многочисленны и не приобрели заметного влияния на казаков вольных. Наоборот, вольные казаки именно в эту эпоху быстро усилились и получили совершенно самостоятельное значение. В жизни государств московского и польско-литовского было много таких сторон, которые плохо мирились со старыми представлениями, жившими еще в народных массах. Крайнее усиление центральной власти в московском государстве, сопровождавшееся потерей политических прав населения, громадное податное бремя, легшее на тяглые классы и подрывавшее их. Таковыми были условия, из-за которых немалое число наиболее энергичных людей решилось вырваться из-под государственной зависимости. Эти люди хотели жить свободной жизнью в рядах казачества. Еще больше подобных условий было в жизни русского населения в областях, подчиненных Литве. Особенно это проявилось со времени Люблинской унии 1569 года.

Во второй половине XVI столетия на Дону уже существует община донских казаков. В то же время  украинское казачество выдвигает далеко в степь подобную общину — Запорожскую Сечь. Эти общины лишь формально признавали над собой власть тех государств, к составу которых они принадлежали. Их внутренний быт был построен на строго демократических началах общинного землевладения и полного самоуправления. Самоуправление лишь на время походов сменялось деспотической властью выбранного предводителя. По возвращении казаков, он обязан был произвести отчет перед войском.

Не справляясь с политикой правительств, считавших их своими подданными, казаки вели неустанную борьбу с "неверными". Борьба получала все больший размах по мере роста сил казачества. Не довольствуясь уже нападениями на татар, казаки на своих челнах выходили из Днепра и Дона в море и подвергали страшному опустошению турецкие прибрежные владения. Попытки польского и московского правительства сдержать казаков от этих набегов, вызывавших Турцию на войну, оставались безуспешными. Независимые отношения нередко переходили и во враждебные. Живя военным промыслом, казаки обращали этот промысел и на своих соотечественников. Они грабили русские и польские купеческие караваны.

То обстоятельство, что в казацкие общины собирались люди, недовольные существовавшим государственным порядком, порождало в среде казачества попытки изменить этот порядок. Это приводило к серьезным проявлениям вражды между казаками и государственной властью. Малорусское казачество, вынеся ряд притеснений со стороны польского правительства, развивало все более энергичное противодействие ему. Эти казаки опирались на угнетенное крестьянское население Украины. В итоге они не только выдержали борьбу, но и оторвали от польского государства русские области. Большая часть этого населения стала казаками.

В государстве московском, где разрыв между представителями власти и народной массой не был многосторонним и резким, цари успели сломить самостоятельность казацких общин. Это произошло потому, что социальное движение здесь было слабое. Оно не осложнялось религиозными и национальными мотивами. Сама борьба не достигала такой напряженности. В итоге, сравнительно большая мощь государственного организма дала здесь другой исход.

Историки отдельных казацких войск особенно упорно указывали на военные и колонизаторские заслуги казаков. Что шло на пользу русского государства. Они миновали факты, относящиеся к борьбе казачества с государством. О них они отзывались, как о единичных и случайных исключениях.

Казачество является фактом не только военной истории, но и истории политической и социальной. Оно составляет пограничный оплот русской земли. Он создавался усилиями самого народа. Казацкие общины были хороши тем, что удовлетворяли стремлению народных масс построить свою жизнь на излюбленных началах равенства и самоуправления.